Το Σπήλαιο Μιλάτου είναι ένας από τους πιο γνωστούς ιστορικούς χώρους του Μεραμπέλου. Βρίσκεται βορειοανατολικά της Μιλάτου, σε τμήμα απότομης χαράδρας, και απέχει περίπου 25–30 λεπτά με αυτοκίνητο από τη Βουλισμένη.
Το σπήλαιο είναι γνωστό κυρίως για τα γεγονότα του Φεβρουαρίου του 1823, κατά την περίοδο της Ελληνικής Επανάστασης. Τότε, κάτοικοι από τη γύρω περιοχή κατέφυγαν στο σπήλαιο για να προστατευθούν από τα στρατεύματα του Χασάν Πασά. Ανάμεσα στα χωριά που συνδέθηκαν με τη συμφορά ήταν και η Βουλισμένη, καθώς κάτοικοί της είχαν ζητήσει καταφύγιο στο σπήλαιο.
Η άλωση του Σπηλαίου της Μιλάτου έγινε στις 13 Φεβρουαρίου 1823. Μετά την κατάληψή του ακολούθησαν σφαγές, αιχμαλωσίες και πώληση γυναικόπαιδων που επέζησαν. Η τοπική ιστορική μνήμη διατηρεί το γεγονός ως μία από τις πιο βαριές στιγμές της Τουρκοκρατίας στην περιοχή.
Η Βουλισμένη πλήρωσε βαρύ φόρο αίματος σε αυτή τη συμφορά. Το Σπήλαιο Μιλάτου δεν συνδέεται μόνο με τη Μίλατο, αλλά με περισσότερα χωριά του Μεραμπέλου, οι κάτοικοι των οποίων βρέθηκαν εκεί αναζητώντας προστασία. Γι’ αυτό και ο χώρος έχει σημασία για την ιστορική μνήμη ολόκληρης της περιοχής.
Στο εσωτερικό του σπηλαίου υπάρχει ναός αφιερωμένος στον Άγιο Θωμά. Ο ναός ανεγέρθηκε το 1953, στο πρώτο τμήμα του κυρίως θαλάμου. Κοντά του βρίσκεται οστεοφυλάκιο, όπου φυλάσσονται λείψανα θυμάτων των γεγονότων του 1823.
Το σπήλαιο έχει οκτώ μικρές και μεγάλες εισόδους, που εκτείνονται σε μήκος περίπου 40 μέτρων και σε τρία επίπεδα. Η είσοδος γίνεται από τη μεγάλη κεντρική είσοδο, η οποία έχει πλάτος περίπου 9 μέτρα και ύψος περίπου 2 μέτρα. Μία δεύτερη είσοδος επιτρέπει στο φως να μπαίνει στον θάλαμο όπου βρίσκεται ο ναός.
Το συνολικό μήκος του σπηλαίου είναι περίπου 75 μέτρα. Στο εσωτερικό του υπάρχουν θάλαμοι που χωρίζονται από φυσικές στήλες, καθώς και σχηματισμοί από σταλαγμίτες και σταλακτίτες. Οι σταλακτίτες είναι λίγοι, ενώ οι στήλες και οι σταλαγμίτες είναι πιο χαρακτηριστικά στοιχεία του χώρου.
Το Σπήλαιο Μιλάτου έχει διαμορφωθεί σε κρητιδικό ασβεστόλιθο. Η σημερινή μορφή του θεωρείται υπόλειμμα μεγαλύτερου υπόγειου κοιλώματος, το οποίο εκτεινόταν προς την πλευρά της χαράδρας. Η γεωμορφολογία του χώρου εξηγεί και τη χρήση του ως καταφυγίου σε περιόδους κινδύνου.
Η ιστορική σημασία του σπηλαίου είναι μεγαλύτερη από τη φυσική του εικόνα. Ο επισκέπτης δεν συναντά απλώς ένα σπήλαιο, αλλά έναν τόπο μνήμης. Ο ναός, το οστεοφυλάκιο και η αναφορά στα γεγονότα του 1823 θυμίζουν τη σύνδεση του χώρου με την επανάσταση, τις διώξεις και τις απώλειες των κατοίκων της περιοχής.
Για όποιον βρίσκεται στη Βουλισμένη, το Σπήλαιο Μιλάτου αποτελεί κοντινή επίσκεψη με καθαρό ιστορικό ενδιαφέρον. Η διαδρομή μπορεί να συνδυαστεί με τη Μίλατο και άλλα σημεία της βόρειας πλευράς του Μεραμπέλου.
Η επίσκεψη στον χώρο χρειάζεται προσοχή, καθώς πρόκειται για φυσικό σπήλαιο με ανώμαλο έδαφος και χαμηλά σημεία. Συνιστάται άνετο παπούτσι και φακός ή κινητό με φως, ειδικά για όσους θέλουν να κινηθούν πέρα από το φωτισμένο ή πιο ανοικτό τμήμα του σπηλαίου.
Το Σπήλαιο Μιλάτου είναι ένας από τους χώρους όπου η τοπική ιστορία συνδέεται άμεσα με τη μνήμη της Κρητικής Επανάστασης. Για τη Βουλισμένη και το Μεραμπέλο, αποτελεί σημείο αναφοράς για τα γεγονότα του 1823 και για τους ανθρώπους που κατέφυγαν εκεί σε μια από τις δυσκολότερες στιγμές της περιοχής.