Ο ναός της Αγίας Ειρήνης και της Αγίας Πελαγίας βρίσκεται μέσα στον οικισμό της Βουλισμένης και αποτελεί ένα από τα παλαιότερα θρησκευτικά μνημεία του χωριού.
Πρόκειται για δίκλιτη εκκλησία, αφιερωμένη στην Αγία Ειρήνη και την Αγία Πελαγία. Σύμφωνα με τα στοιχεία που έχουν διασωθεί, υπήρξε ένας από τους δύο παλαιότερους ενοριακούς ναούς της Βουλισμένης και, αργότερα, ο μοναδικός ενοριακός ναός του χωριού, μέχρι την ανέγερση του νεότερου ναού της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος.
Η αρχική μορφή του ναού φαίνεται πως ήταν μονόχωρη και αφιερωμένη στην Αγία Πελαγία, η παρουσία της οποίας είναι γνωστή τουλάχιστον από το 1635. Σε μεταγενέστερη, άγνωστη χρονικά περίοδο, προστέθηκε δεύτερο κλίτος προς τιμήν της Αγίας Ειρήνης. Το όνομα της Αγίας Ειρήνης επικράτησε τελικά στην τοπική μνήμη και χρησιμοποιήθηκε για ολόκληρο τον ναό.
Το νότιο κλίτος, αφιερωμένο στην Αγία Πελαγία, θεωρείται παλαιότερο και διατηρεί στοιχεία που δείχνουν ότι κάποτε λειτουργούσε ως ανεξάρτητος ναός. Το κλίτος της Αγίας Ειρήνης φαίνεται να αποτελεί μεταγενέστερη προσθήκη, πιθανότατα στη βόρεια πλευρά, όπου υπήρχε διαθέσιμος χώρος για την επέκταση του κτίσματος.
Η ιστορία του ναού συνδέεται και με τις βενετσιάνικες καταγραφές των εκκλησιών της Κρήτης. Σε αυτές αναφέρεται εκκλησία με το όνομα Αγία Ειρήνη στη Βουλισμένη, δικαιοδοσίας του Ζουάνε Πασκουαλίγκο, την οποία ιερουργούσε ο παπάς Δημήτρης Φουλαμούρης.
Παρά τις επιμέρους ιστορικές ασάφειες, ο δίκλιτος ναός της Αγίας Ειρήνης και της Αγίας Πελαγίας παραμένει σημαντικό τεκμήριο της παλαιάς ενοριακής ζωής της Βουλισμένης. Η σημερινή του μορφή φανερώνει τη διαδοχή των εποχών, τις ανάγκες της κοινότητας και τη συνέχεια της θρησκευτικής παράδοσης του χωριού.
Στο εσωτερικό του αναφέρονται και αξιόλογα ξυλόγλυπτα τέμπλα, ενώ ο ναός εξακολουθεί να αποτελεί ένα από τα σημεία που συνδέουν τη Βουλισμένη με τη βαθιά εκκλησιαστική και ιστορική της μνήμη.
