Ο Ιερός Ναός Μεταμορφώσεως του Σωτήρος βρίσκεται στη μικρή πλατεία της Βουλισμένης και αποτελεί τον ενοριακό ναό του χωριού.
Γνωστός στους κατοίκους και ως ναός του Αφέντη Χριστού, συνδέεται με τη θρησκευτική ζωή της Βουλισμένης και με το μεγάλο καλοκαιρινό πανηγύρι που συγκεντρώνει κατοίκους, συγγενείς, φίλους και επισκέπτες.
Στη θέση του σημερινού ναού υπήρχε παλαιότερα μια αξιόλογη δίκλιτη βασιλική, αφιερωμένη στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και στον Τίμιο Σταυρό. Ο παλιός αυτός ναός θεωρείται κτίσμα της περιόδου της Βενετοκρατίας ή και παλαιότερος.
Από τον παλαιό ναό δεν σώζεται φωτογραφία, όμως υπάρχουν σημαντικές μαρτυρίες για την ύπαρξή του. Ανάμεσά τους ξεχωρίζει ταφόπλακα του 1623, η οποία βρέθηκε στον χώρο και σήμερα φυλάσσεται στο Μουσείο της Νεάπολης.
Ο παλιός ναός κατεδαφίστηκε στα χρόνια 1938–1939, με σκοπό να χτιστεί στη θέση του μια μεγαλύτερη εκκλησία. Η ανέγερση του νέου ναού καθυστέρησε λόγω του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου και ολοκληρώθηκε το 1954.
Η οικοδόμησή του συνδέθηκε με τη συμμετοχή των κατοίκων της Βουλισμένης. Άνδρες, γυναίκες και παιδιά βοήθησαν στο χτίσιμο, όπως συνέβαινε συχνά στα μεγάλα κοινά έργα του χωριού.
Στη δυτική πλευρά του ναού βρίσκεται η προτομή του πρώτου Αρχιεπισκόπου Κρήτης, Ευγένιου Ψαλιδάκη, ο οποίος γεννήθηκε στη Βουλισμένη στις 11 Σεπτεμβρίου 1912.
Ο ναός της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος παραμένει μέχρι σήμερα ένα από τα κεντρικά σημεία της Βουλισμένης. Δεν είναι μόνο ο ενοριακός ναός του χωριού, αλλά και σημείο μνήμης, συνέχειας και συνάντησης για τους ανθρώπους του.
